Celá jeho historie, už od jeho založení českou královnou Kunhutou Štaufskou (manželkou Václava I.), se těsně prolíná s naší českou historií.
K českému království patřil a prosperoval až do počátku 15. století, kdy ho husité pobořili a vyplenili.
Už Václav I. klášteru daroval několik okolních vesnic, přiznal mu určitá práva a podržel ho mimo vliv míšeňské diecéze.
Jeho syn Přemysl Otakar II. pak všechna práva potvrdil a ještě dále rozšířil.
Klášter podporoval také Jindřich z Lipé, který obdržel za služby ve vojsku Václava II. město Zhořelec. Když se později ocitl v nemilosti, byl mu Zhořelec králem odebrán, ale později ho znovu získal zpět. Jeho dcera byla jeptiškou právě v klášteře Marienthal.
Jan Lucemburský v roce 1346 potvrdil klášteru majetková práva a poskytl mu ochranu, kterou pověřil Jana z Donína, potomka rodu, jenž byl účasten na založení kláštera.
Karel IV. pak potvrdil práva i ochranu Marienthalu a přilehlému městečku Ostritz udělil právo vaření piva a obchodu se solí.
V roce 1368 napadli Ostritz žoldnéři Lužického šestiměstí ( Budyšín, Žitava,Kamenec, Zhořelec, Lobava a Lubáň) a zbořili jeho hradby a radnici.
Klášter Marienthal prosperoval a bohatl až do roku 1427, kdy byl zpustošen husity. Jeptišky prchly do Zhořelce, kde setrvaly následujících 30 let.
V době reformace Marienthal díky nezdolné víře sester odolal všem pokusům o jeho zrušení.
V roce 1683 vyhořel, ale byl znovu obnoven. Jeho přestavba v barokním stylu trvala až do roku 1744.
V roce 1707 byl klášter napaden Sasy a jeptišky uprchly tentokrát do Čech, útočiště našly v Zákupech. Později, v roce 1720, naopak saský král zachránil klášter před zrušením.
Od roku 1838 sloužila část kláštera jako sirotčinec a jeptišky se staraly nejen o výchovu, ale také o vzdělávání dětí.
V roce 1897 byl Marienthal zasažen ničivou povodní, kdy se zřítil dokonce i most se sochou Jana Nepomuckého, patrona kláštera.
V roce 1901 odešly některé sestry na Moravu, aby tam založily nový klášter v Tišnově.
Za druhé světové války Marienthalu opět hrozilo zrušení, ale představená se hrdinně postavila na odpor a podařilo se jí klášter uchránit. Sloužil jako ústav pro děti a ke konci války jako vojenský lazaret.
Po roce 1945 přišel klášter o zhruba třetinu svého území vytvořením nové státní hranice řekou Nisou.
Opět odolal pokusům o zrušení tentokrát ze strany komunistické NDR. V roce 1955 zde byl založen ústav pro postižené ženy a dívky, později také pro psychicky nemocné chlapce. Část kláštera si zabralo místní zemědělské družstvo na vepřín, menší část byla ponechána sestrám na dožití.
Po roce 1989 se díky neuvěřitelné pracovitosti a houževnatosti sester začal klášter opět vzpamatovávat.
V roce 1992 zde otevřely Mezinárodní centrum setkání, jehož programem je usmíření, porozumění a kulturní spolupráce mezi národy. Na místě bývalého vepřína založily krásnou biblickou zahradu.
Ale v roce 2010 postihla klášter další povodeň, tentokrát ještě horší než ta předešlá, vše bylo zatopeno do 2 metrů a poničeno, ale sestry se opět nevzdaly.
Dnes můžeme vidět Marienthal opět v celé jeho kráse. Sestry zde žijí podle řádu sv. Benedikta a řídí se heslem Ora et labora – modli se a pracuj a je to všude vidět.
Klášter je naprosto soběstačný, má vlastní pekárnu, pilu, vinohrad a zahradnictví, dokonce vlastní vodní elektrárnu. Provozuje restauraci a kavárnu, nabízí možnost ubytování, je zde obchod se suvenýry.
Sestry jsou milé a ochotně vás provedou klášterem a seznámí s jeho historií i současností.